Kėdainių rajone įsteigti 26 savivaldybės draustiniai, kuriuose saugomi unikalūs kraštovaizdžiai, retieji augalai ir gyvūnai, taip pat kultūros paveldo vertybės. Draustiniai apima beveik visas vertingas natūralias rajono teritorijas.

Beveik visi savivaldybės draustiniai pasižymi retųjų augalų gausa ir įvairove. Daugelyje draustinių auga baltijinės gegūnės, kai kuriuose iš jų – vyriškosios, mažosios ir šalmuotosios gegužraibės, dėmėtosios ir Rusovo gegūnės, tamsialapiai skiautalūpiai, pieviniai plaurečiai, paprastieji kardeliai, meškiniai česnakai, totorinės maludės, melsvieji gencijonai, miškinės dirsės. Pašušvio kraštovaizdžio draustinyje be jau kai kurių minėtų augalų auga daugiametės blizgės, miškinės varnalėšos, Pašilėlių botaniniame-zoologiniame draustinyje – sibiriniai vilkdalgiai, raktažolės pelenėlės, paprastosios tuklės, pelkinės kiaulpienės, liekniniai beržai, čia pirmą kartą Lietuvoje aptikta augant musinių ofrių. Nemažai natūralių pievų išlikę Kruosto botaniniame draustinyje. Randama tokių augalų, kaip gelsvosios vizgės, stepiniai motiejukai. Gaisų botaniniame-zoologiniame draustinyje aptinkama siauralapių saulašarių. Šėtos botaniniame draustinyje saugomas Vidurio Lietuvai būdingas 150–170 m. senumo ąžuolynas. Senas ąžuolynas taip pat saugomas ir Mociūnų miško botaniniame draustinyje. Zembiškio miško botaniniame draustinyje aptinkama etaloninių augalų bendrijų. Šiame draustinyje auga šiauriausi Lietuvoje skroblynai. Šimtamečiui uosynui saugoti įsteigti Lančiūnavos ir Dovydų miškų botaniniai draustiniai. Kai kuriuose savivaldybės draustiniuose aptinkama ir retųjų grybų. Pašušvio kraštovaizdžio draustinyje randama didžiųjų kukurdvelkių, Zembiškio miško botaniniame draustinyje – šakotųjų sėdžių.

Daugelyje savivaldybės draustinių aptinkama retųjų drugių. Drugiams svarbiausi Smilgos kraštovaizdžio, Barupės hidrografinis, Lankesos botaninis, Vozbučių ir Pavikšrupio botaniniai-zoologiniai, Runeikių miško telmologinis draustiniai. Iš šiuose draustiniuose aptinkamų retų drugių reikia paminėti juoduosius apolonus, machaonus, kraujalakinius melsvius, rudakius satyriukus, pietines hesperijas, ratuotuosius pelėdgalvius, nendrinius verpikus. Sename Ilgatrakio miško botaninio-zoologinio draustinio ąžuolyne gyvena reti vabalai – niūriaspalviai auksavabaliai ir didieji skydvabaliai.

Paukščių apsaugai rajone įsteigti trys ornitologiniai draustiniai. Baublio ir Lendrynės ornitologiniuose draustiniuose peri didieji baubliai, švygždos bei kai kurie kiti reti vandens ir pelkių paukščiai. Skaistės ornitologiniame draustinyje peri gervės, baltanugariai geniai. Ornitologinėmis vertybėmis iš kitų savivaldybės draustinių išsiskiria ir Barupės hidrografinis, Runeikių miško telmologinis, Pašilėlių botaninis-zoologinis, Gaisų botaninis draustiniai. Šiuose draustiniuose gyvena mažieji ereliai rėksniai, juodieji gandrai, gervės, tetervinai, griežlės, putpelės. Daugelyje draustinių, per kuriuos teka upės, peri tulžiai, pakrantėse gyvena ūdros. Dotnuvos – Josvainių, Labūnavos, Lančiūnavos miškai labai pamėgti retųjų miško paukščių. Šiuose miškuose peri daug juodųjų gandrų, mažųjų erelių rėksnių, gervių, baltanugarių ir vidutiniųjų genių.

Dotnuvėlės kraštovaizdžio draustinis. Įsteigtas 1992 m. gamtiniam kompleksui – miškui, lankoms ir Dotnuvėlės upės natūraliai vagai išsaugoti. Draustinis yra šiaurinėje Kėdainių miesto dalyje. Plotas 93,76 ha.

Dovydų miško botaninis draustinis. Įsteigtas 1996 m. šimtamečio etaloninio uosyno apsaugai. Draustinyje auga vyriškosios gegužraibės, retažiedės miglės, statieji atgiriai, paprastieji kardeliai. Plotas 41,31 ha.

Gaisų botaninis-zoologinis draustinis. Įsteigtas 1992 m. išsaugoti pelkyną su apupelkės pievomis ir čia augančiais saugomais retaisiais augalais: Rusovo gegūnėmis, siauralapėmis saulašarėmis, vaivorais, spanguolėmis. Draustinyje aptinkama tetervinų, gervių, griežlių, putpelių. Jo plotas 135,91 ha.

Ilgatrakio miško botaninis-zoologinis draustinis. Įsteigtas 1996 m. norint išsaugoti 30,56 ha plote išlikusiame sename ąžuolyne saugomus augančius augalus ir gyvenančius gyvūnus. Čia rasta paprastųjų kardelių, aptikta niūraspalvių auksavabalių, didžiųjų skydvabalių. Lizdus suka juodieji gandrai, mažieji ereliai rėksniai. Drėgnose pievose auga baltijinės gegūnės.

Kruosto botaninis draustinis. Įsteigtas 1996 m. norint apsaugoti Kruosto upės slėnį. Jo plotas 63,03 ha. Čia yra išlikę natūralių pievų su retaisiais augalais. Gausiai auga šilumamėgiai kserofitiniai augalai, į Lietuvos raudonąją knygą įrašyti augalai: dėmėtosios gegūnės ir šalmuotosios gegužraibės. Kruosto upelyje gyvena ūdros.

Lančiūnavos miško botaninis draustinis. Įsteigtas 1996 m. išsaugoti Nevėžio žemumai būdingą šimtametį uosyną. Draustinio plotis 62,12 ha. Retų rūšių jame beveik nėra, tačiau uosynas įdomus kaip etaloninis medynas, kokių daugiau mūsų rajone nesurasite.

Lankesos botaninis draustinis. Įsteigtas 1996 m. apsaugoti Lankesos upės slėnį ir jo natūralias pievas su retaisiais augalais. Plotas 47,40 ha. Draustinyje vertingiausios išlikusios samaninės ir užliejamos natūralios pievos su retaisiais augalais ir vabzdžiais. Auga šalmuotosios ir vyriškosios gegužraibės, pieviniai plaurečiai, baltijinės gegūnės. Pievose aptinkama rudakių satyriukų.

Lendrynės ornitologinis draustinis. Įsteigtas 1996 m. Jo plotas 10,52 ha. Lendrynės draustinio pelkėje saugomi reti ir nykstantys vandens bei pelkių paukščiai. Čia aptinkama baublių, meldinių nendrinukių, švygždų.

Mociūnų miško botaninis draustinis. Įsteigtas 1996 m. Mociūnų miške. Jo plotas 11,47 ha. Saugomi išlikęs senas ąžuolynas su retomis augalų rūšimis – miškine dirse ir paprastuoju kardeliu.

Obelies kraštovaizdžio draustinis. Įsteigtas 1992 m. norint išsaugoti Kėdainių mieste Obelies upės slėnyje dar išlikusį natūralų gamtinį kompleksą. Draustinio riba 2015 m. koreguota atlikus kameralinius tyrimus, išanalizavus lauko tyrimų medžiagą bei įvertinus Europos bendrijos svarbos buveinių išsidėstymą. Atlikus draustinio ribų korektūrą, Obelies kraštovaizdžio draustinio plotas sumažėjo 6,88 ha – nuo 171,22 ha iki 164,34 ha.

Paberžės kraštovaizdžio draustinis. Įsteigtas 1992 m. išsaugoti istorinius, kultūrinius paminklus, Liaudės ir Nykio slėnių gamtinį kompleksą. Draustinis yra rajono šiaurinėje dalyje – Paberžės kaimo ribose. Plotas – 149,24 ha. Į saugomų objektų sąrašą įeina Paberžės kaimas, buvusi dvaro su parku vieta, kapinės, Nykio ir Liaudės upelių slėniai, Nykio vinkšna.

Pašilėlių botaninis-zoologinis draustinis. Įsteigtas 1992 m. apsaugoti išlikusias pelkes bei natūralias pievas su retaisiais augalai ir gyvūnais. Pašilėlių draustinis yra Truskavos miestelio apylinkėse. Plotas 531,54 ha. Draustinio teritorijoje yra nedidelių išlikusio pelkyno (aukštapelkės ir žemapelkės) lopinėlių, apypelkio pievų, šlapio miško pakraščių. Auga reti ir saugomi augalai: baltijinė gegūnė, dėmėtoji gegūnė, mažoji gegužraibė, raiboji gegūnė, sibirinis vilkdalgis, raktažolė pelenėlė, paprastoji tuklė, pelkinė kiaulpienė, liekninis beržas. Čia rasta ir pirmoji žinoma musinio ofrio augimo vieta Lietuvoje. Čia aptinkami ir į Lietuvos raudonąją knygą įrašyti tetervinai, gervės, mažieji ereliai rėksniai, juodieji gandrai, užklysta stumbrai.

Pašušvio kraštovaizdžio draustinis. Įsteigtas 1992 m. išsaugoti istorinius, kultūrinius paminklus, taip pat Pašušvio parką ir Šušvės upės slėnio gamtinį kompleksą. Plotas 179,98 ha. Netoli yra Pašušvio kaimas. Seniau čia buvo dvaras ir palivarkas, minimas XVI a. Nemažai čia ir gamtinių vertybių, Raudonosios knygos augalų augančių ir gyvūnų gyvenančių Šušvės slėnyje. Rasti daugiametės blizgės, meškiniai česnakai, totorinės maludės, melsvieji gencijonai, miškinės varnalėšos, didieji kukurdvelkiai,  aptiktos ūdros, tulžiai.

Pavikšrupio botaninis-zoologinis draustinis. Natūraliose Vikšrupio upelio pievose, apsuptose miškų, 1996 m. įsteigtas draustinis. Jis yra Josvainių seniūnijos Macgalių miške prie Vikšrupio upelio. Draustinio plotas 108,03 ha. Čia auga dėmėtosios gegūnės, pieviniai plaurečiai, Rusovo gegūnės, paprastieji kardeliai. Aptikta didžiausia Kėdainių rajone kraujalakinio melsvio populiacija. Yra ir rudakių satyriukų. Miške lizdus suka mažieji ereliai rėksniai ir juodieji gandrai.

Pelėdnagių botaninis draustinis. Įsteigtas 1992 m. išsaugoti natūralias Nevėžio slėnio pievas, augalų bendrijas, retus augalus ir jų augimvietes. Draustinis yra netoli Pelėdnagių gyvenvietės, Nevėžio upės krante. Mažiausio savivaldybės draustinio plotas 5,99 ha. Natūraliose pievose auga vaistiniai smidrai, šilokai, čiobreliai, griežia griežlės.

Petkūnų-Skaistės ornitologinis draustinis. 1992 m. įsteigtas retiems paukščiams išsaugoti. Draustinio plotas 104,54 ha. Jame peri gervės, baltnugariai geniai, kiti retieji paukščiai.

Runeikių miško telmologinis draustinis. Įsteigtas 1996 m. išsaugoti tarpinio tipo pelkės ekosistemą. 56,84 ha ploto draustinis yra netoli Runeikių kaimo. Vertingiausia natūrali tarpinio tipo pelkė su aplink augančiu brandžiu mišku. Draustinyje rasti Raudonosios knygos augalai: miškinės dirsės, paprastieji kardeliai, ir gyvūnai: mažieji reliai rėksniai, juodieji gandrai, gervės, pietinės hesperijos, retieji ratuotieji pelėdgalviai. Čia rasta ir nendrinių verpikų. Tai jų antroji radimo vieta Lietuvoje.

Smilgos kraštovaizdžio draustinis. Įsteigtas 1992 m. išsaugoti natūralias augalų bendrijas, retus augalus ir jų augimvietes Smilgos upės aukštupyje. Draustinis yra netoli Lipliūnų kaimo. Plotas 122,57 ha. Draustinyje auga meškiniai česnakai, vyriškosios gegužraibės, paprastieji kardeliai, mažosios gegužraibės, dėmėtosios gegūnės. Natūraliose Smilgos upės pievose skraido į Lietuvos raudonąją knygą įrašyti drugiai pietinės hesperijos ir kraujalakiniai melsviai. Smilgos upelyje gyvena ūdros.

Smilgos ir Smilgaičio kraštovaizdžio draustinis.  Įsteigtas 1992 m. išsaugoti nedidelių upių slėnių kraštovaizdžiui su dar išlikusia mažai pakeista gamta. Plotas 247,14 ha.

Šėtos botaninis draustinis. Įsteigtas 1992 m. išsaugoti būdingą vidurio Lietuvai seną ąžuolyną. Čia auga brandus, pakankami gerai išlaikęs savo pirmykštę stuktūrą ir augaliją, miškas. Vyrauja 150–170 metų ąžuolai. Medynas yra Žeimelių miške. Plotas 193,07 ha. Čia auga saugomi augalai – mažosios gegužraibės.

Šušvės kraštovaizdžio draustinis. Įsteigtas 1992 m. gamtiniam kompleksui – miškui, lankoms ir upės natūraliai vagai išsaugoti. Jo plotas 417,01 ha. Draustinis prasideda nuo Angirių tvenkinio užtvankos ir tęsiasi iki Macgalių kaimo. Čia saugomi reti ir nykstantys augalai: šalmuotoji gegužraibė, melsvasis gencijonas, totorinė maludė. Kaip ir visame Šušvės upės slėnyje gyvena tulžiai, ūdros.

Šventybrasčio kraštovaizdžio draustinis. Įsteigtas 1992 m. siekiant išsaugoti didelę istorinę ir gamtinę vertę turinčią vietovę su visais jos komponentais: kaimu, kapinaitėmis, ąžuolais – gamtos paminklais, Nevėžį su intaku, pušynėliu, pelke, natūraliomis pievomis. Draustinis prasideda ties Kruosto ir Nevėžio upių santaka ir tęsiasi iki Panevėžio r. savivaldybės ribos. Tai didžiausias savivaldybės draustinis – jo plotas 824,97 ha. Draustinyje auga į Lietuvos raudonąją knygą įrašytų augalų, tai būtų: tamsialapiai skiautalūpiai, mažosios gegužraibės, paprastieji kardeliai. Aptinkama ūdrų.

Vosbučių botaninis-zoologinis draustinis. Šušvės upės slėnis ties Vosbučių kaimu yra viena įdomiausių Šušvės slėnio atkarpų. Šioje vietoje 1996 m. įsteigtas 153,72 ha draustinis išsaugoti upės slėnio augalijai, gyvūnijai. Natūraliose užliejamose ir sausminėse pievose – šalmuotosios ir mažosios gegužraibės, totorinės maludės, šlaituose – melsvieji gencijonai, miškinės dirsės, paprastieji kardeliai, drėgnesnėse pievose – baltijinės gegūnės. Tarp žiedų skraido juodieji apolonai, rudakiai satyriukai. Upės pakrantėse gyvena tulžiai, didieji dančiasnapiai, ūdros.

Zembiškio miško botaninis draustinis. Šis 20,72 ha ploto draustinis, įsteigtas 1996 m., labai įdomus etaloninėmis augalų bendrijomis. Čia auga šiauriausi Lietuvoje skroblo medynai. Juose randama retų grybų – šakotųjų sėdžių bei augalų – retažiedžių miglių. Buvusių dirvonų vietose susiformavo pievos, kuriose auga vyriškosios ir mažosios gegužraibės.